Дополнительные пины на тройка модулях нужны лишь для более надежного крепления к слот шилду.
Никакой функциональной нагрузки они не несут. Можете спокойно оставить их не подключенными.
К сожалению, для ардуино почти нет универсальных корпусов, так как на саму плату вы наверняка будете ставить шилды произвольной формы.
Однако вы можете попробовать собрать корпус из структора
Он режется ножом, и вы можете собрать корпус нужной вам формы.
