Для данных манипуляций , однозначно нужен ISP прогроматор.
Средствами ArduinoIDE это делается следующим образом: открываем файл \arduino\hardware\arduino\ boards.txt , в котором видим описание всех плат из списка ArduinoIDE, находим нужную нам плату.
Правим как надо, сохраняем файл. запускаем ArduinoIDE и нажимает Burn bootloader (Прошить загрузчик), вместе с загрузчиком прошьются и фьюзы. Так же можно избавиться от буитлоадера убрав строку atmega328.bootloader.file=ATmegaBOOT_168_atmega328.hex и правильно выставив фьюзы.