Жёлтым микроконтроллером на оригинальной ардуино уно является atmega16u4. Он выполняет функцию загрузки машинного кода в МК и usb uart преоброзователя. Если его прошить каким либо кодом , а прошивать его прейдётся по ISP , то потом прейдётся прошивать основной МК другими способами. Данный МК является подобным atmega32u4 - МК , стоящиму в Ардуино Леонардо , где есть возможность эмулирования клавиатуры. Но в atmega16u4 меньше flash и оперативной памяти. Прошить по ISP его получится если добраться до соответствующих пинов, но здесь возникает ряд сложностей: во-первых часть из них соеденено с главным (красным МК) что может помешать работе , во-вторых к некоторым пинам возможно прейдётся припаяватся непосредственно к ногам МК, что довольно-таки сложно. Попытаться можно ,найдя в датшите пины ISP интерфейса и подключившись к ним, достав основной МК и используя другую плату ардуино как ISP прогромматор.
Дополню ответ ссылкам на статьи которые вам помогут.
Обсуждение об прошивке на форуме: [URL=
http://www.cyberforum.ru/avr/thread2087239.html