В AtmelStudio делаю так: в solutionexplorer выбираю текущий проект, затем жму кнопку "Show All File". Появляются все папки и файлы, которые есть в папке с проектом. Затем выделяю такую папку и из контекстного меню выбираю "Include In Project". Чтобы компилятор мог осуществлять навигацию по добавленным таким образом файлам, пути к папкам приписываю в свойствах тулчейна.
А как быть, если папка с необходимыми файлами лежит вне папки проекта?
