Если говорить про 8-ми и 16-ти битки.ю то смысла в этом немного. Тесты, скорее всего, необходимо писать на ассемблере, чтобы исключить влияние компилятора. Если конечный продукт будет написан на Си, то скорость выполнения кода будет зависеть от алгоритма, оптимизации компилятора и от самого компилятора. Известно, что компиляторы GCC и IAR давно конкурируют между собой. При этом явного лидера нет, т.к. на разных задачах ведут они себя по-разному. Для многофайлового проекта лучшим решением здесь будет использование хорошо изученного МК для увеличения скорости разработки, самостоятельное создание make файла, в котором будут прописаны условия компиляции по каждому файлу в отдельности.