Aref - analog reference. В него при необходимости подаётся опорное напряжение для АЦП, аналого-цифрового преобразователя.
ioref От I/O интерфейса. Этот вывод предоставляет платам расширения информацию о рабочем напряжении микроконтроллера Ардуино. В зависимости от напряжения, считанного с вывода IOREF, плата расширения может переключиться на соответствующий источник питания либо задействовать преобразователи уровней, что позволит ей работать как с 5В, так и с 3.3В-устройствами.