Во первых: нужно правильно выбрать энкодер. Необходим энкодер для пром применения со схемами подавления дребезга на выходах и обеспечивающий работу с данной скоростью.
Во вторых: необходимомо проработать алгоритмы работы устройства. и убедиться , что выбранный МК способен обработать поступающие с такой частотой импульсы от 3-х энкодеров.
в третьих: по максимуму использовать аппаратные возможности МК для достижения наилучших результатов. Используйте прерывания в МК и иные возможности.
Или сделайте опрос энкодеров на отдельном МК , а результат отправляйте на другой МК , который будет управляеть индикацией и другими узлами схемы.